Por ter nascido dentro de uma universidade – o Ibilce/Unesp, campus de São José do Rio Preto –, não há como negar que a Faperp tem a ciência em seu DNA. Assim, há quase vinte anos a entidade realiza uma série de atividades que promovem o desenvolvimento e a propagação de conhecimento.
Sua atuação nesse meio inclui o fomento a pesquisas e participação em eventos científicos por meio do fornecimento de auxílio financeiro e, também, assessoria administrativa e financeira a projetos de pesquisa, além da captação de recurso em órgãos de fomento e na iniciativa privada.